Основную часть Намибии составляют возвышенности, занимающие центр страны. Там находится высочайшая точка (гора Кёнигштайн (Брандберг), 2 606 м). С запада центральное плато ограничено пустыней Намиб, выходящей к Атлантическому океану, с юга — рекой Оранжевой, с востока — пустыней Калахари. Полоса Каприви и крайний север страны заняты джунглями.
Рек в Намибии мало, и большинство из них заполняются лишь в отдельные периоды. Сухие русла на языке ндонга (на нем говорит народ овамбо, населяющий север страны) называются ошана: в сезон дождей они могут заполняться и затоплять до 60% территории. Самые крупные реки в Намибии — Оранжевая, Фиш-Ривер (ее каньон — второй по величине в мире после Большого каньона в США), Окаванго (впадает в огромное болото на территории Ботсваны, называемое дельта Окаванго).
В Намибии довольно жарко, а осадков выпадает мало (отчасти это связано с влиянием холодного Бенгельского течения).
Крупнейший город страны — столица Виндхук. Другие крупные города — Уолвис-Бей, Свакопмунд, Ошакати, Гротфонтейн, Кетмансхоп, Тсумеб, Гобабис.