Несмотря на расположение Сальвадора в тропическом поясе, из-за высоты нагорья его климат считается довольно умеренным.
Сухой сезон длится с ноября по апрель, дождливый — с мая по октябрь. Средняя месячная температура 22—25°С. На низменности температура на 2—3° выше, в горах — на 3—5° ниже.